La costumbre de sepultar cadáveres dentro de las iglesias regía en España desde las célebres Partidas de Alfonso X el Sabio (1254-1284). De ahí que semejante práctica fuera también usual en los templos católicos de La Habana. En esta ciudad, el libro de defunciones más antiguo que se conserva reporta su primer entierro el 24 de febrero de 1613: el de María Magdalena Comadre, inhumada dentro de la Parroquial Mayor, erigida entonces sobre los terrenos que desde finales del siglo XVIII ocupa el Palacio de los Capitanes Generales.
Las iglesias habaneras sirvieron de sepulcro a la flor y nata de la sociedad esclavista. La iglesia de San Francisco de Asís, por ejemplo, fue lugar de sepultura de figuras ilustres, como el obispo Juan Lazo de la Vega, el capitán general Diego Manrique y el comandante de la fortaleza del Morro, Luis de Velazco.
Las excavaciones arqueológicas motivadas por la restauración de esta iglesia revelaron diferentes áreas de enterramiento: en el altar mayor y frente a él, así como al pie de las capillas de las dos galerías colaterales a la nave principal, se inhumaban las personas de mayor rango (social, político, eclesiástico y militar) o las familias de más alto linaje, que usualmente tenían posesión de las capellanías.
Sin embargo, las investigaciones en el coro bajo arrojaron que había sido enterrado un individuo con rasgos negroides. Para corroborar este punto, el Historiador de la Ciudad pidió al doctor Manuel Rivero de la Calle que realizara un estudio antropológico, en el cual participaron como auxiliares dos especialistas de la propia Oficina del Historiador: Jorge Brito y Boris Luis Martín. El grupo de trabajo consolidó primero las piezas óseas, porque estaban muy deterioradas, y examinó después con detenimiento la osamenta para comprobar que se trataba de un hombre joven (25-35 años) y de gran talla (167-188 centímetros), perteneciente a la raza negra.
De esta última conclusión no quedó sombra de duda, pues además de rasgos morfológicos negroides pudo constatarse un detalle cultural significativo: la punta mutilada del segundo incisivo superior izquierdo. A tal costumbre de los negros carabalíes y otros pueblos de África se refiere Fernando Ortiz en su artículo «Los africanos dientimellados», que la revista Cuba Odontológica (La Habana) publicó a mediados de 1927. El propio Rivero de la Calle divulgaría en 1945 que esta mutilación dentaria era frecuente entre los esclavos africanos y sus descendientes cubanos.El esqueleto negroide se encontraba cerca de la entrada del templo franciscano. Esta circunstancia parece explicarse por una curiosa disposición del obispo Diego Evelino Vélez de Compostela, fechada en 1694, que ordenaba las áreas de sepultura dentro de la iglesia de Santiago de las Vegas tal y como muestra la ilustración infográfica. Semejante distribución de los enterramientos debió aplicarse por rigurosa analogía en las demás iglesias habaneras.
En una relación de personas sepultadas entre 1618 y 1648 en el templo de San Francisco de Asís, dieciséis eran de la raza negra. De manera que allí se enterraban por igual negros y blancos, pobres y ricos, aunque las tumbas de unos y otros quedaban bien separadas. Sólo que la pestilencia general de los cadáveres recién inhumados, desanimaba cada vez más a los fieles de asistir a los oficios divinos. Por esta razón las autoridades eclesiásticas pujaron y consiguieron prohibir los enterramientos dentro de las casas de Dios.
Tales prácticas cesarían formalmente en La Habana el domingo 2 de febrero de 1806, cuando el obispo Juan José Díaz de Espada bendijo e inauguró la primera necrópolis de la ciudad, que se conocería como cementerio de Espada. Ese día fueron trasladados ceremoniosamente los restos del capitán general Diego Manrique, desde la iglesia de San Francisco, y del vicario capitular José González Cándamo, desde la Catedral. Al día siguiente fueron enterrados el párvulo blanco José Flores... y la morena Petrona Alvarado.